Indústrias, empreendimentos ou obras que encontram-se em Áreas de Proteção dos Mananciais ou na Área de Interesse Especial da Serra do Itapeti, da Região Metropolitana de São Paulo necessitam do alvará para obterem o licenciamento ambiental.

Área de preservação permanente é a área protegida nos termos legais, coberta ou não por vegetação nativa, com a função ambiental de preservar os recursos hídricos, a paisagem, a estabilidade geológica, a biodiversidade, o fluxo gênico de fauna e flora, proteger o solo e assegurar o bem estar das populações humanas. A sua intervenção deve ser autorizada por órgão ambiental competente.

As licenças Prévia (LP), de Instalação (LI) e de Operação (LO) fazem parte das etapas do processo de licenciamento na CETESB. Existe um momento preliminar, na etapa do pré-projeto, em que a CETESB poderá orientar o empreendedor quanto à localização de seu empreendimento, através da emissão de um Parecer de Viabilidade de Localização (PVL). Se um futuro empreendimento estiver sujeito ao licenciamento na CETESB, antes de investir em uma área para instalar seu projeto é possível fazer uma consulta à CETESB sobre a sua viabilidade em determinado local. O PVL não é obrigatório, porém funciona como uma ferramenta preventiva de problemas com a localização do empreendimento. Muitas vezes, o empreendedor pretende se instalar em regiões ambientalmente saturadas ou cujo zoneamento não contempla a atividade pretendida. Dessa forma, através do PVL o empreendedor minimiza riscos e evita eventuais prejuízos.

A agência ambiental recebe um pedido formal do interessado, solicitando manifestação a respeito de assuntos inerentes às atribuições da CETESB ou órgão ambiental municipal.

Qualquer atividade que envolva a supressão de vegetação nativa depende de autorização, seja qual for o tipo da vegetação (mata atlântica, cerrado e outras) e o estágio de desenvolvimento (inicial, médio, avançado ou clímax). Mesmo um simples bosqueamento (retirada da vegetação do sub-bosque da floresta) ou a exploração florestal sob regime de manejo sustentável, para retirada seletiva de exemplares comerciais (palmito, cipós, espécies ornamentais, espécies medicinais, toras de madeira, etc) não podem ser realizados sem o amparo da autorização para supressão.